Der Name Felsberg ist urkundlich erstmals für das Jahr 801 belegt, die Kirche erstmals 1305.

Ab 1368 stand Felsberg unter der Herrschaft der Freiherren von Rhäzüns. Seit 1491 seht die Kirche unter dem Patrozinium des Apostels Thomas. 1505 erfolgte ein Neubau im gotischen Stil.

1535 schlossen sich die Felsberger der Reformation an. Reformierte Gläubige von Says, die ebenfalls zum Sprengel der Pfarrei Felsberg gehörten, betraten die Kirche durch die sog. Sayserpforte an der Südseite der Kirche.

1950/51 wurde die Kirche einer Totalrenovation unterzogen, wobei das Kirchenschiff ausgebaut und eine gewölbte Holzdecke sowie eine Orgel eingebaut wurden.

Die Fenster im Chor stammen vom Westschweizer Künstler François Ribas (1903–1979) und wurden 1967 eingesetzt.